Nach dem Zerfall des kommunistischen Jugoslawiens erlebten die Religionsgemeinschaften in den Nachfolgestaaten einen Aufschwung. Allerdings mussten sich die sog. historischen Kirchen auch neu ausrichten. Waren sie im ehemaligen Jugoslawien jeweils gemeinsam Kirche, so gründeten sich in Kroatien und Serbien je eigene reformierte und lutherische „Rumpfkirchen“, die lernen mussten, sich als kleinere Kirchen zu entwickeln. 

Allerdings wuchs auf Serbien bezogen die Bedeutung der Religionszugehörigkeit in der Gesellschaft. Wobei das mit Sicherheit für die orthodoxe Mehrheitskirche zutrifft. Fast 85 % der 7,3 Millionen Einwohner Serbiens bezeichnen sich nach aktueller Volkszählung als serbisch-orthodoxe Christen. Die Muslime des Landes stellen zwar nur drei Prozent der Gesamtbevölkerung, bilden aber in mehreren Gemeinden Südserbiens die Mehrheit. Weitere fünf Prozent sind römisch-katholische Christen, die übrigen gehören anderen Gruppen an oder sind religionslos. Die Slowakisch Lutherische Kirche hat ca. 48.000 Mitglieder, die Reformierte Kirche ca. 15.000, die ungarisch lutherische Kirche ca. 1.000.

Sieben Religionen gelten nach serbischem Gesetz als „traditionell“. Insgesamt sind heute bei der Regierungskanzlei für die Zusammenarbeit mit den Kirchen und Religionsgemeinschaften 25 Glaubensgruppen eingetragen.

Ein Problem, dass alle betrifft, ist die Frage der Restitution: die komplizierte Rückgabe des enteigneten Kircheneigentums. Bei der Restitutionsfrage haben sie alle das gemeinsame Interesse, die vollständige Rückgabe ihres Eigentums, das sich bis 2000 in den Händen des Staates befand, zu erwirken. Erst 2006 wurde ein entsprechendes „Gesetz über die Eigentumsrückerstattung an Kirchen und Religionsgemeinschaften“ verabschiedet. Eine Verfassungsklage gegen das Gesetz, das eine Bevorzugung der Religionsgemeinschaften vor den normalen Bürgern und damit den Gleichheitsgrundsatz verletzt sah, wurde 2011 abgewiesen.

Seitdem geht die Rückgabe trotz der Komplexität der Einzelfälle, die u.a. auf die politischen Umbrüche des vergangenen Jahrhunderts zurückgeführt werden können (die Abfolge verschiedener Staatsordnungen und –formen auf dem Gebiet Serbiens, vom ehemaligen Königreich über deutsches Besetzungsgebiet im Zweiten Weltkrieg bis hin zu Titos, später Miloševićs Jugoslawien), voran. Seit Inkrafttreten des Gesetzes haben die Kirchen und Religionsgemeinschaften über 3.000 Anträge auf die Rückerstattung früheren Eigentums gestellt, von dem heute bereits ein beträchtlicher Teil naturalrestituiert ist. Probleme bestehen jedoch aufgrund chronisch leerer öffentlicher Kassen im Bereich der finanziellen Entschädigung. (Quelle: Konrad Adenauer Stiftung)

Zusätzliche Probleme gibt es bei der Restitutionsfrage zwischen der ungarischen lutherischen Kirche und der slowakischen lutherischen Kirche – insbesondere im Fall der slowakisch- und deutschsprachigen Gemeinde in Belgrad. Diese Frage spielt  durchaus eine existenzielle Rolle für die Kirchen. Sie bedeutet eine Einnahmequelle z.B. bei der Rückgabe von Ackerland.