Zwei Missionsbewegungen im 19. Jahrhundert führten zur Gründung der Evangelischen Kirche Armeniens.

In Konstantinopel entwickelte sich eine religiöse Strömung unter den armenischen Christen, die das Bibelstudium förderte. Diese Bewegung erhielt in den 1820er Jahren Unterstützung durch Bibelübersetzungen in türkischer und neuarmenischer Sprache. Ab etwa 1830 förderten Missionare aus den USA evangelische Reformbestrebungen unter den Armeniern in Kleinasien, auch durch die Arbeit in Grundschulen. 1828 wurde unter dem armenischen Patriarchat ein Seminar gegründet, das Nachwuchs für die Armenisch-Apostolische Kirche ausbilden sollte. Hier verbreiteten sich reformatorische Ideen so weit, dass die Bewegung, die inzwischen eine „Pietistische Union“ gegründet hatte, sich 1846 von der Armenischen-Apostolischen Kirche trennte und im Jahr darauf von den Behörden der Hohen Pforte als eigenes Millet anerkannt wurde.

In Ostarmenien entwickelte es sich auf andere Weise. Im Jahr 1821 entsendete die Basler Mission zwei Missionsprediger in den Kaukasus, um Heiden, Muslime und Juden zum Christentum zu bekehren. Die ersten Missionare kamen 1822 nach Schuschi, wo sie zunächst Schulen und Druckereien eröffneten, um ihre Mission zu unterstützen. In den folgenden Jahren bauten sie ihre Aktivitäten kontinuierlich aus, bis 1833 ein kaiserlicher Erlass aus St. Petersburg jegliche Missionstätigkeit der Basler Missionare unter den Armeniern verbot. Trotz Bemühungen um eine Klärung der Situation wurde die Mission in Schuschi 1838 aufgelöst. Das Scheitern wurde durch politische Veränderungen und die feindliche Haltung der armenischen-apostolischen Kirche beeinflusst.

Kurz vor dem Völkermord an den Armeniern im Jahr 1915 war die Armenische Evangelische Kirche gewachsen und hatte 4 „Unionen“ im gesamten Osmanischen Reich. Diese 4 Unionen hatten 137 Kirchen, 179 Pastoren, etwa 51.000 Anhänger, 34 weiterführende Schulen, 7 Hochschulen und 3 Priesterseminare. Der Völkermord führte zur Gründung von Diasporagemeinden, in denen die Armenische Evangelische Kirche wieder aufgebaut und wiederbelebt wurde.

Mit der armenischen Diaspora verbreitete sich die Kirche weltweit. Die Armenische Evangelische Kirche ist Teil der Evangelischen Armenischen Weltgemeinschaft, die sich in fünf Regionen aufteilt. Diese sind im Armenischen Evangelischen Weltrat (gegründet 1978) vereinigt.

Im Jahr 1994 wurde die ECA nach der Zeit der sowjetischen Unterdrückung neu gegründet. Die ECA hat heute 22 Gemeinden in den verschiedenen Teilen Armeniens. Einige haben eigene Gebäude, andere Gemeinden treffen sich in Wohnungen oder an anderen Versammlungsorten. Darüber hinaus gibt es sieben Zentren, in denen christliche Erziehung stattfindet, wie Bibelstudien und christliche Programme für Kinder. Die ECA hat elf ordinierte Pastoren, zehn Prädikanten, fünf Laienleitende und zwei Kandidaten, die sich in Beirut auf den Pfarrdienst vorbereiten. Die ECA hat laut eigener Aussage ca. 1.450 Mitglieder. Es gibt jedoch eine weit größere Anzahl an „Sympathisanten“, die zur Kirche kommen und am Gemeindeleben teilnehmen. Durch ihre Kinder- und Jugendprogramme erreicht die Kirche mehr Menschen als sie an tatsächlichen Mitgliedern hat. Die Leitung der ECA besteht aus einem Gremium von elf Mitgliedern, dem ein Präsident vorsteht. Darüber hinaus hat der Armenische Evangelische Weltrat (AMAA – s.u.) einen Pastor aus der Diaspora entsandt, der die junge ECA in ihrer dreißigjährigen Geschichte unterstützt und begleitet hat.

Die ECA in Armenien hat auf Grund der langen sowjetischen Herrschaft eine kurze Geschichte im Vergleich zu der armenischen evangelischen Kirche in Syrien und im Libanon mit ihrer inzwischen über 100-jährigen Geschichte.