1919 wurde die Evangelisch-Theologische Fakultät in Prag gegründet. Vor dem Ersten Weltkrieg gab es viele Einschränkungen für Protestanten in den tschechischen Ländern (zu der Zeit Teil des katholischen Österreich). Mit der Gründung des neuen tschechoslowakischen Staates nach dem Krieg gab es volle Religionsfreiheit. Reformierte und lutherische Protestanten vereinigten sich zur Evangelischen Kirche der Böhmischen Brüder (EKBB). Eine erste wichtige Aktivität der neuen Kirche war es, eine Evangelisch-Theologische Fakultät zu etablieren. 14 Studenten begannen im ersten Jahrgang. 1923 waren es schon 78 im Jahr 1923 und 160 im Jahr 1929. Frauen begannen ein Studium an der Fakultät im Jahre 1922. Ab 1953 wurden sie dann auch in der EKBB ordiniert. Im Jahre 1949-50 gab es 230 Studierende. Zur Zeit der kommunistischen Diktatur gab es viele Schwierigkeiten und die Zahl der Studierenden sank auf unter 100. Nach dem Sturz des kommunistischen Regimes im Jahr 1989 eröffneten sich neue Möglichkeiten für die Fakultät. Es gab eine enorme Zunahme der Zahl der Studierenden. In 1990 wurde die Evangelische Fakultät in die Karls-Universität integriert. Im Jahr 1995 zog man in größere Räumlichkeiten, die der EKBB gehören. Zur Zeit studieren 730 Studenten an der Fakultät. Davon 188 Theologiestudenten. Der größte Teil der Studenten absolviert ein Grundstudium in Sozialarbeit. 

Die Fakultät erhält pro Student Zuweisungen von der Karls-Universität zum Etat. Studiengebühren gibt es nicht. Ursprünglich war es so, dass die Mieteinnahmen durch die Fakultät einen großen Teil der Kirchenkanzlei finanziert hatten. Diese Einnahmen sind sehr eingebrochen und haben zu Strukturanpassungsmaßnahmen in der Kirchenkanzlei geführt. Ein schmerzlicher Prozess, der aber die Chance birgt, dass die Kirchenkanzlei der EKBB zu einem anderen Finanzierungsmodell kommt. 

Homepage der Fakultät: http://web.etf.cuni.cz/